Во 80-те години нејзиното здравје веќе е сериозно нарушено и таа во неколку наврати е хоспитализирана поради проблеми со срцето, за во септември 1989 година да и биде вграден пејсмејкер.
Бидејќи сидата зема замав од светски рамки како болест на новото време, новите активности на редот се насочуваат кон подигање на свеста на јавноста за причините и последиците од болеста. По тој повод на 24 декември 1985 година, Мајка Тереза ја отвара првата хоспиција за заболени од сида во Њујорк. Истата година претседателот на САД Роналд Реган и ја врачува највисоката награда која може да биде доделена на цивил во САД – Претседателскиот медал за слобода, уште едно во низата признанија и награди за нејзината хуманитарна работа.
Во 1996 година со Акт од Конгресот на САД Мајка Тереза е прогласена за почесен граѓанин на САД, и е една од само шестте личности кои ја имале таа чест заклучно со 2008 година.
Периодот од 1990 година па се до нејзината смрт во 1997 е период на интензивна активност. Иако нејзиното здравје е сериозно нарушено, тоа сепак не ја спречува во ширењето на мисијата и отворањето на повеќе од 170 куќи низ целиот свет. Во последните години од својот живот Мајка Тереза на неколку пати сака да се повлече од челото на редот, но сестрите со тајно гласање ја изгласуваат да остане. После две операции на срцето, во 1993 и 1996 година, таа сепак се повлекува и на 13 март 1997 година сестра Нирмала е избрана за нејзина наследничка т.е. Superior General. Истата година на 5 септември починува во Калкута на 87-годишна возраст. Во знак на благодарност Индиската влада и доделува погреб со државни почести. Нејзиното тело е положено во Motherhouse во Калкута. Нејзиниот гроб бргу станува место за аџилак и молитви на луѓето од сите вери и социјални слоеви.
Кога Мајка Тереза починала редот кој го основала пред речиси 50 години броел 3842 сестри кои служеле во 594 куќи во 120 земји, 363 браќа во 68 куќи во 19 земји, 14 контемплативни браќа во 4 куќи во 3 земји, 13 свештеници во 4 куќи во 3 земји.
