Në 80 vitet e saj, shëndeti i saj ka qenë seriozisht i dëmtuar dhe ajo në disa raste ishte shtruar në spital, për shkak të problemeve të zemrës dhe në shtator të vitit 1989 i është vënduar pejsmejker.
Pasi që virusi HIV/ i Sidës mori hap të madh në botë si një sëmundje e kohës së re, aktivitetet e reja të rendit ishin të drejtuara drejt rritjes së ndërgjegjjes publike për shkaqet dhe pasojat nga sëmundja. Me atë rast, më 24 dhjetor, 1985, Nënë Tereza hap hospicionin e parë për të sëmurit nga SIDA në Nju Jork. Presidenti i SHBA Ronald Regan në të njëjtin vit ja dhuroi çmimin më të lartë që mund t’ju jepet civilëve në SHBA – Pllaketën/medaljen Presidenciale të Lirisë, edhe një nga një seri njohjeje dhe çmimeve për punën e saj humanitare.
Në vitin 1996 me ligjin e Kongresit të SHBA, Nënë Tereza u shpall qytetare nderi e SHBA-së dhe është një nga gjashtë personat të cilët e kishin marr atë çmim deri në vitin 2008.
Periudha nga viti 1990 deri në vdekjen e saj në vitin 1997 ishte një periudh e aktivitetiteve intensive. Edhe pse shëndeti i saj ishte dëmtuar seriozisht, ajo prapseprapë nuk ka penguar shpërndarjen e misionit dhe hapjen e më shumë se 170 shtëpive në mbarë botën. Në vitet e fundit të jetës së saj Nënë Tereza disa herë dëshiron të tërhiqet nga balli i rendit, por motrat me votim të fshehtë votojn që ajo të mbetet. Pas dy operacioneve të zemrës në vitin 1993 dhe 1996, ajo tërhiqet dhe më 13 mars të vitit 1997 motra Nirmala u zgjodh si pasardhëse e saj, d.m.th. Superior general. Në të njëjtin vit me 5 shtator në Kalkuta Nëne Tereza vdes në moshën 87 vjeçare.
Qeverija Indiane në shenjë faleminderimi dhe mirënjohjeje i organizon varim me nderime shtetërore. Trupi i saj është varosur në shtëpin e motrave të dashurisë “Motherhouse” në Kalkut. Varri i saj u bë vend shtegëtimi dhe i lutjeve të njerëzve nga të gjitha fetë dhe shtresave shoqërore.
Kur vdiq Nënë Tereza rendin të cilin ajo e themeloi para pothuajse 50 viteve, ka numëruar 3842 motra, të cilat kanë shërbyer në 594 shtëpi në 120 vende të botës, 363 vëllezër në 68 shtëpi në 19 vende të botës, 14 vëllezër kontemplativ/meditues në 4 shtëpi në 3 vende të botës, 13 priftërinj në 4 shtëpi në 3 vende të botës.
